日本プロテオーム学会（Japanese Proteomics Society, JPrOS）規約
第１章 総 則
第１条（名義、設立日）
日本プロテオーム学会（Japanese Proteomics Society, JPrOS）（以下、本会という）と称する。
本会は2009年12月25日を設立日とする。
第２条（所在地）
本会の主たる事務局を神奈川県横浜市金沢区福浦3-9（横浜市立大学 先端医科学研究センター（プロテオミクス）内）に置く。
第３条（目的）
本会の目的は次の通りとする。
本会は、日本ヒトプロテオーム機構(Japan Human Proteome Organisation, JHUPO)を主宰すると共に、我が国におけるプロテオーム研究の普及をはかり、その発展に寄与する。また、ヒトプロテオーム機構（Human Proteome Organisation, HUPO）及びアジアオセアニアヒトプロテオーム機構（Asia Oceania HUPO, AOHUPO）の日本側対応機関として、その役割を果たす。
第４条（事業）
本会は前条の目的を達成するために年１回の学術大会（日本プロテオーム学会大会（JHUPO大会））、サテライトシンポジウム、講演会、学会通信の発信、学会誌の発行、学術集会の協賛などの事業を行う。これらの詳細については必要に応じて別に定める。第2章 会 員
第５条（会員の種類）
会員は次の4区分とする。
法人会員
本学会の趣旨に賛同して会費を納入し、事業の推進を図る法人または団体。
大会協賛企業会員
別に定める大会規程に従って大会に協賛する法人または団体
個人会員
本学会の趣旨に賛同し、事業の推進を図る大学、公的研究機関、企業などの研究者。
学生会員
本学会の趣旨に賛同し、事業の推進を図る学生（学部生、修士課程学生、博士課程学生）で、指導教員の推薦などを受けた学生。
名誉会員
別に定める名誉会員に関する規程に従って承認された個人会員
第６条（会員の入退会、除名、届出）
第６条1 （会員の入会）
会員として入会を希望するものは所定の申込書を本会事務局に提出し、理事会はそれを審議、承認する。ただし、年１回の学術大会に参加したものは、その年度に本会に入会申し込みをしたものとする。
第６条2 （会員の退会）
会員で退会を希望するものは所定の退会届を会長に提出し、退会できる。また、個人会員が会費を4年滞納した場合、自動退会処理することができる。
第６条3 （会員の除名）
会員が次のいずれかに該当するときは、理事会の議決を経て、会長がこれを除名することができる。
・本学会の名誉を傷つけ、または本学会の目的に反する行為のあったとき。
・法人会員が会費を滞納し、相当期間を定めた書面による督促の後も支払わないとき。
第６条4（会員の届出）
会員は、氏名（所属機関）、住所、メールアドレス、その他本会が定める事項（以下「届出事項」という）を、本会に届け出なければならない。届出事項に変更があった場合も同様とする。 学生会員は指導教員の推薦状などを添えて、届け出るものとする。
第７条（会員の権利、義務）
第７条1（会員の権利、特典）
会員は本規約に定める事業活動に参加する権利および別に定める特典を有する。 法人会員、大会協賛企業会員、個人会員は、総会に参加し、本会の運営などに対して建設的な意見を述べることができる。
会員は理事会に対し,事業に関する建設的な提案をすることができる。 会員は投票により理事を選出することができる。 会員は学会賞候補者を推薦することができる。
第７条2（会員の義務）
法人会員、大会協賛企業会員、個人会員は、年会費を納入する。ただし、学生会員からは年会費は徴収しない。 会員は、本会の過程において知見した公知以外の情報等について、第三者に開示又は漏洩してはならない（守秘義務）。 会員は本会の定める規約その他の諸規程及び総会または理事会の決議に従って、本会の目的の実現に協力する義務を負う。
第８条（会員の協力）
会長は各種活動の実施にあたり、必要に応じて会員に協力を要請することができる。
第９条（会員への告知）
会長は総会において事業企画、予算案、事業報告、決算報告等を会員に告知する。また、学会通信をメールで配信し、種々の告知を行う。
第３章 役 員
第10条（役員の構成）
会長 １名
副会長 最大２名
庶務担当理事 ３名（主１名、副２名）
理事 ２０名～２５名
監事 ２名
第11条（役員の職務）
役員の職務は次のとおりとする。
会長は、本会の代表として本会の運営に当たる。副会長は本会の運営において会長を補佐し、会長がその職務を果たせない事態が生じた場合は会長を代行する。ただし、その場合、任期は会長の残任期間とする。理事は理事会を構成し本会の運営にあたる。会長、副会長、庶務担当理事で構成される執行部会は、総務・事業計画・事務局管理・予算案立案・会議企画などを統括し、理事会へ諮問する。理事は別に定める各種委員会に所属し、それぞれの委員会の業務を行う。監事は理事会に参加し、本会の運営に参画するとともに会計監査を行う。
第12条（役員の選出及び任期）
第12条1（会長、副会長の選出と任期）
会長、副会長及び監事は理事の互選により、理事会で選出される。会長、副会長及び監事の任期は２年とする。会長の重任は認めない。
第12条2（理事の選出と任期）
理事は、本会員歴３年以上の個人会員で３名の個人会員から推薦された者の中から、個人会員による投票で得票数上位から２０名が選出される。複数の被推薦者が得票数２０位となった場合は、同票の候補者全てが選出される。理事の任期は１期２年とし、連続２期４年選出された理事については、その後の２年間理事に選出しない。また、理事改選年度の4月1日現在で65歳以上の会員は、理事の被選挙権を失う。ただし、 HUPOイニシアチブの代表及びHUPO理事、AOHUPO理事はその職にある期間は、理事の資格を与える。
会長は、選挙で選ばれた理事の構成を鑑み、最大４名の指名理事（庶務担当理事を含む）を指名することができる。指名理事については理事会の承認を得ることとする。
理事・執行部の任期は1月1日に始まり、12月31日に終わるものとする。
第13条（欠員）
理事が任期途中で退会し、本会の運営に支障をきたすおそれがある場合には、理事会において第12条の条件に合致する条件で後任を選出する。その場合の任期は前任者の残り任期とする。
第４章 組 織
第14条（組織）
本会に次の組織を置く
総会
執行部会
理事会
各種委員会
第15条（総会及び理事会）
第15条1 (総会)
総会は、毎年1回、学術大会期間中に会長が招集する。
総会の議長は、会長が務める。
総会は、次の事項を議決する。
- 事業計画及び収支予算についての事項
- 事業報告及び収支決算についての事項
- 事業企画についての事項
- その他、本会の業務に関する重要事項で、理事会において必要と認めるもの
総会は、個人会員の過半数が出席しなければ、その議事を開き議決することができない。但し、当該議事につき書面をもってあらかじめ意思を表示した者及び会長を代理人として表決を委任した者は、出席とみなす。
総会の議事は個人会員である出席者の過半数をもって決し、可否が同数のときは、議長の決するところによる。
第15条２ (理事会)
理事会は理事により構成され、年に１回以上開催し、会長がこれを招集する。理事会は委任状を含め過半数により成立し、その議事については、議事録を作成しなければならない。また、本会の円滑な運営のためにメール理事会を随時開催する。
第16条（総会及び理事会に付議する事項）
規約の制定、改訂
事業計画
予算案
事業報告
決算報告
役員の選出
大会長の選出
HUPO理事及びAOHUPO理事候補者の推薦
第17条 (委員会及び委員の選出・任期)
本会は、その目的達成の必要に応じ、理事会の議決を経て委員会を設けることができる。各種委員会委員の任期は会長の任期と同じとする。
第17条1（理事候補者選挙管理委員会）
会長は、若干名の個人会員を選び、理事選挙管理委員を委嘱する。委員の互選により、１名の委員長を選び、理事選挙事務を行う。
理事候補者選挙管理委員会は理事改選年度前年の11－12月に理事選挙を行う。
個人会員は理事候補者の中から、１人１票、無記名で５名連記し、理事候補者選挙管理委員会に郵送または電子選挙にて投票する（学生会員には選挙権を与えないが、学生でも個人会員の場合には選挙権を持つことができる）。
理事候補者選挙管理委員会は得票数の上位から順に執行部会に20名の理事候補者を答申する。得票数が同数の場合には、同票の候補者全てが選出される。執行部会はこれを承認、公知する。
第17条2（学会賞選考委員会）
副会長及び理事による無記名選挙で理事から選ばれた5名を学会賞選考委員とし、副会長を委員長とする学会賞選考委員会において日本プロテオーム学会賞、日本プロテオーム学会研究開発功績賞及び日本プロテオーム学会奨励賞、日本プロテオーム学会功労賞受賞者を選考する。学会賞選考方法については別に定める。
第18条（事務局）
本会を運営するために、事務局では以下の業務を遂行する。なお、外部に委託する場合には庶務担当理事が管理担当し、執行部会がこれを統括する。
事務局の業務
- 会員及び入会希望者の紹介窓口
- 関連他機関との連絡調整窓口
- 本会の入/出金管理業務
- 本会の広報活動窓口
- その他、必要と認められる業務
第５章 会 計
第19条（会計年度）
本会の会計年度は毎年４月１日に始まり、翌年３月３１日に終わる。
第20条（収入）
本会の経費には会費収入及びその他収入の収入をもってこれに充てる。
第21条（年会費）
会員管理システム料として年会費を2000円とする。年次大会に参加した個人会員については、年会費は免除する。年次大会不参加の個人会員には年次大会直後に請求書を発行することにより徴収する。ただし、入会初年度は入会時に請求書を発行する。
既納の会費は理由の如何にかかわらず返還しない。
年会費の区分は次の通りとし、請求書発行後60日以内に本会が指定する口座に支払うものとする。
法人会員 一口 ５万円
大会協賛企業会員 別に定める
個人会員 ２千円
学生会員 徴収しない
第22条（予算･決算）
第22条1（予算）
会長は、理事会において１年間の会計報告を行わなければならない。
予算は企画を担当する執行部会が事業計画と共に立案し、理事会の承認を得なければならない。
第22条2（決算）
決算は１年間のすべての収入及び使途、現在の経理状況を示す内容を総務を担当する執行部会が理事会に報告し、承認を得なければならない。
第23条（決算報告の認証･審査）
前条の決算報告は会長の承認を得、かつ監査の審査を受けたものでなければならない。
第６章 規約の制定・改正ならびに解散
第24条（規約の制定・改定）
規約の制定、改訂は、委任状も含め理事会の過半数の議決により行うものとする。
第25条（解散及び解散時の処置）
本会の解散は、本会の運営が困難となった場合、理事会において過半数の議決を得て行うものとする。
本会の解散に伴う資産、その他の権利、義務などの処理については、解散前に理事会において協議してこれを定める。
第26条（存続期間と継続）
存続期間については、予め定めないものとする。
第７章 補 則
第27条（協議）
本規約に定めのない事項については、理事会の決議を持って、解決するものとする。
第28条（施行）
本規約は、設立総会の承認を得たときから施行する。
以上
付記：本規約は、2010年７月27日より発効する。
【日本プロテオーム学会賞選考規程】
本会は毎年、プロテオミクス分野で業績顕著で、本会発展に貢献が認められる会員に対して日本プロテオーム学会賞を贈呈し、表彰する。
１． 選考方法
会員から推薦された候補者について、学会賞選考委員会で選考後、理事会での承認を経て受賞者を決定する。
学会賞選考委員会は、委員長と４名の委員からなり、委員長は副会長とする。委員は無記名選挙（４名連記）で理事の中から選出する。本人、同門、過去３年程度の密な共同研究者、子弟関係、家族親戚などが受賞候補者として推薦された場合には、選考委員になることはできない。その際、選挙で次点の者を選考委員とする。また、副学会長が委員となりえない場合、委員長は、委員の互選で決定する。なお、選考委員と被推薦者の関係が適切であるかどうかについては執行部会が調査する。
2． 受賞資格
候補者は本会会員に限る。
3． 受賞件数
原則として毎年３件以内とする。ただし、受賞該当者なしの場合もある。
4． 授与
賞状と副賞を授与する。
5． 推薦方法
推薦者は次の全項目をA４用紙２枚（厳守）に簡潔にまとめて庶務担当理事宛送付する。
（イ）推薦者氏名（所属・連絡先）（ロ）受賞候補者氏名（所属・連絡先）（ハ）受賞候補題目（ニ）推薦理由（業績内容を示す論文などの題目、掲載誌なども記載する。）
6． 締め切り日
毎年、会長が決定する。
【日本プロテオーム学会研究開発功績賞】
本会は毎年、プロテオミクス分野で、企業において注目すべき研究や技術開発で業績をあげた本会会員または本会会員を主たる構成員とするグループに対して日本プロテオーム学会研究開発功績賞を贈呈し、表彰する。
1． 選考方法
会員から推薦された候補者について、上記の学会賞選考委員会で選考後、理事会での承認を経て受賞者を決定する。
2．受賞資格
候補者は企業に所属する本会会員、または、本会会員を主たる構成員とするグループに限る
3．受賞件数
原則として毎年2 件以内とする。受賞該当者なしの場合もある。
4．授与
賞状を授与する。
5．推薦方法
推薦者は次の全項目をA４用紙２枚（厳守）に簡潔にまとめて庶務担当理事宛送付する。
（イ）推薦者氏名（所属・連絡先）（ロ）受賞候補者氏名（所属・連絡先）（ハ）受賞候補業績（研究題目、論文、特許または著書、本会での発表等）（ニ）推薦理由（候補業績の重要性、意義などについて簡潔にまとめたもの）
6．締め切り日
毎年、会長が決定する。
【日本プロテオーム学会奨励賞選考規程】
本会は毎年、プロテオミクス分野で優れた業績をあげ、さらに将来の発展を期待できる本会若手会員に対して日本プロテオーム学会奨励賞を贈り、これを表彰する。
１． 選考方法
会員から推薦された候補者について、上記の学会賞選考委員会で選考後、理事会での承認を経て受賞者を決定する。
２． 受賞資格
（１） 候補者は本会会員に限る。
（２） 受賞年の４月１日現在、45歳未満の個人とする。
３． 受賞件数
原則として毎年３件以内とする。ただし、受賞該当者なしの場合もある。
４． 授与
賞状と副賞を授与する。
５． 推薦方法
推薦者は、次の全項目をA４用紙２枚（厳守）に簡潔にまとめて庶務担当理事宛送付する。
（イ）推薦者氏名（所属・連絡先）（ロ）受賞候補者氏名（所属・連絡先）、生年月日（ハ）受賞候補業績（研究題目、論文または著書。本会、HUPO、AOHUPOでの発表リスト[※応募者が筆頭発表者のものについて口頭発表とポスター発表を区別して記載]）（ニ）推薦理由（候補業績の重要性、意義などについて簡潔にまとめたもの）
６． 締め切り日
毎年、会長が決定する。
【日本プロテオーム学会功労賞選考規程】
本会は毎年、本会の運営、発展に多大なる貢献が認められる会員に対して日本プロテオーム学会功労賞を贈呈し、表彰する。
1． 選考方法
会員から推薦された候補者について、上記の学会賞選考委員会で選考後、理事会での承認を経て受賞者を決定する。
2． 受賞資格
(1) 候補者は本会会員に限る。
(2)日本プロテオーム学会賞と功労賞両方を受賞することはできない。
3． 受賞件数
原則として毎年２件以内とする。ただし、受賞該当者なしの場合もある。
4． 授与
賞状と副賞を授与する。
5． 推薦方法
推薦者は次の項目についてA４用紙１枚（厳守）に簡潔にまとめた推薦理由書を庶務担当理事宛送付する。 （イ）推薦者氏名（所属・連絡先）（ロ）受賞候補者氏名（所属・連絡先）（ハ）推薦理由
6． 締め切り日
毎年、会長が決定する。
【会員の特典に関する規程】
| 個人会員 | 学生会員 | 名誉会員 | 法人会員 | 大会協賛企業 | |
| 理事推薦・被推薦 | ○（注1） | ||||
| 理事選挙資格 | ○ | ||||
| HUPO理事推薦・被推薦 | ○（注2） | ||||
| AOHUPO理事推薦・被推薦 | ○ | ||||
| 学会賞推薦・受賞 | ○ | ○（注3） | ○ | ○ | |
| 学会通信受信 | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ |
| 大会での発表 | ○ | ○ | ○ | ||
| 総会参加資格 | ○ | ○ | ○ | ○ | |
| 総会議決権 | ○ | ||||
| 年会費免除 | ○ | ||||
| 大会参加費免除 | ○ | ○（注4） | |||
| J-STAGE中の要旨集の閲覧権 | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ |
| 学会ホームページへの広告掲載 | ○ | ○（注5） | |||
| 学会通信の広告配信 | ○ | ○ |
（注1）理事は本会員歴3年以上の個人会員
（注2）HUPO理事はHUPO会員である必要あり
（注3）受賞資格は有しない
（注4）大会参加費免除の人数は各大会組織委員会が定める
（注5）協賛金の額によって別途定める
【名誉会員付与規程】
本会の発展に貢献した個人会員やプロテオミクス分野で功績が顕著な個人会員を顕彰し、名誉会員の資格を与える。
1． 選考方法
執行部会が名誉会員候補者を推薦し、理事会で決定する。
2． 対象者
候補者は原則として65歳以上の会員で、
(1) 通算10年以上、本学会（日本ヒトプロテオーム機構からも含め）に所属した者。
(2) 通算２期以上の理事経験者。
(3)その他、学会の創設、運営、発展、学術研究活動等において功績の著しい者。
3. 付与
大会において資格を付与し、表彰状を授与する。名誉会員は、大会参加費及び会費を免除される。
4．推薦方法
執行部会は、次の項目について推薦理由書を A４用紙１枚（厳守）に簡潔にまとめ、理事会に推薦する。 （イ）候補者氏名（所属・連絡先）（ロ）推薦理由
5． 締め切り日
毎年、会長が決定する。
【大会に関する規程】
1.（定義）
この規則は、日本プロテオーム学会（以下、学会）規約第4条が定める年１回の学術大会（以下、大会）の運営を円滑に実施することを目的として定める。
2.（大会の目的）
大会は、プロテオミクスの振興に寄与するため、研究成果を発表する機会を提供することに加え、研究者間の交流を促進する機会を提供することを目的とする。
3.（大会組織委員長）
大会の準備および運営のため、理事会は各年度の大会毎に、本会会員の中から大会組織委員長（以下、委員長）および大会監事（以下、監事）を指名する。委員長および監事は、複数の大会にそれぞれ存在することから、その名称の前に回数を附して区分する。
4.（大会組織委員会）
委員長は大会組織委員を任命し、大会組織委員会（以下、委員会）を設置する。大会は委員会によって運営される。
委員会は当該年度の大会が終了し、必要な残務処理が終了するまで存続する。委員会は、複数の大会にそれぞれ存在することから、その名称の前に回数を附して区分する。
5.（理事会承認事項）
委員会は、大会開催日の6ヵ月前までに下記につき理事会の承認を得る。
(1)大会会場
(2)大会参加費
(3)大会予算（案）
(4)大会日程表（案）
(5)プログラム（案）
委員会は、大会開催後3ヵ月以内に大会決算書を作成し、監事の監査を受けた後、理事会に報告し、承認を得なければならない。
6.（大会参加者）
学会個人会員である大会参加者には会員参加費が適用され、同年度の年会費は免除される。但し、過去の年会費未納分がある参加者は未納分を遡って支払う必要がある。未納分の年会費を支払わない会員には、会員資格が与えられず、大会参加にあたっては非会員参加費を徴収する。本会会員でない大会参加者には非会員参加費が適用される。
大会での発表者は本会個人会員に限る。発表者以外の共同研究者、及び、委員会が認めるものはこの限りではない。
本会法人会員に所属する大会参加者は、第7条に定める大会参加特典を受けることができる。
7.（大会協賛企業会員ならびに法人会員の大会参加特典）
(1)大会協賛企業会員
セミナー、機器展示、印刷物およびインターネットによる配付物への広告掲載等により、大会に協賛金を委員会に納入した企業を大会協賛企業会員とする。大会協賛企業会員は、事前に大会参加者リスト（何名でも可）を提出する。リストに登録された参加者は、当年度限りの単年度会員として登録され、個人会員と同様に学会に年会費（2,000円）を納入する。ただし、同年度の年会費は大会協賛企業会員の協賛金に含まれることとし、別途徴収はしない。
大会協賛企業会員は協賛金の額により、参加者の大会参加費の一部または全額が免除される（免除額については、大会組織委員会で定める）。
(2)法人会員
法人会員は、毎年会員登録者リスト（最大10名）を提出することができ、リストに記載された本会未入会者は個人会員として登録される。参加者には個人会員の参加費が適用される。ただし、登録者の年会費は法人会員の年会費に含まれることとし、別途徴収はしない。
8.（退場）
大会参加者は「大会規則」等、大会運営に関わる諸規則を遵守しなければならない。委員会が大会の運営に支障をきたすと判断した場合は、本会会長の了解を得て、当該参加者に大会会場からの退去を求めることができ、過去に退去を求められた者の大会への参加を拒否することができる。
9.（プログラム、要旨集）
委員会はプログラムおよび要旨集を作成する。プログラムおよび要旨集の著作権は学会に帰属する。演題に、公序良俗に反する内容が含まれると判断された場合には、委員会は演題を不受理とすることができる。
10.（改正）
本規則の改訂は理事会の承認を得なければならない。
【サテライトシンポジウムに関する規程】
日本プロテオーム学会は年1回の学術大会に加えて、サテライトシンポジウムを主催、または共催することができる。
1． 申請方法
個人会員が執行部会に書面で申請し、理事会の承認を得た後、決定する。
2． 条件
(1)主催者が本学会の会員であること。
(2)シンポジウムの開催により、本学会の発展が期待できること。
3. 補助対象
講演者の旅費、宿泊費および講演会場費等を補助する。補助金額は年度ごとの予算で決定する。会計は学会事務局が直接担当する。
4．申請書類
次の項目について申請書をまとめ、執行部会に提出する。（イ）シンポジウムの開催日時・場所・目的（ロ）主催者情報（ハ）補助の対象および金額（二）推定参加人数（ホ）本学会がサポートする意義
【学会誌に関する規程】
短報・速報・総説を中心とした電子ジャーナル「Proteome Letters」を発行し、学会ウェブを通じて公開する。規約第17条に従って編集委員会を設定する。委員長は理事から選出する。審査は編集委員会が中心となり、委員長が採否を決定する。
- 学会誌を電子ジャーナルとして発行し，J-STAGEを通じて公開する。
- 編集の基本方針を審議するため，規約第17条に従って編集委員会（Editorial Board）を設置する。
- 編集委員会は下記の委員により構成される。
(1)編集担当理事
(2)理事会の議を経て会長が役員の中から委嘱した編集委員若干名 - 「編集委員会」に編集委員長（Editor-in-Chief）をおき，編集担当理事のうち１名をこれにあてる。編集委員長は編集業務を統括する。
- 「編集委員会」に副編集委員長（Associate Editors）をおき，編集担当理事のうち２名をこれにあてる。副編集委員長は編集委員長を補佐し，編集委員長に事故あるときは，その任務を代行する。
- 編集委員長は「編集委員会」の中から各論文の編集責任者（Editor-in-Charge）を１名指名する。
- 編集責任者は査読者（Referee[s]）を指名し，査読者の意見および投稿規定に照らして学会誌に掲載することが可であるか否かの意見を編集委員長に述べる。
- 編集委員長は編集責任者の意見に基づいて，「編集委員会」の責任において掲載可否の判断を行う。
【HUPO理事の推薦規程】
- 本会は毎年3月末日までに、日本プロテオーム学会個人会員、かつHUPO会員の中からの立候補者をつのる。
- 立候補予定者は、HUPO COUNCIL CANDIDATE BIOGRAPHICAL SKETCHフォームに記載し、本学会事務局に４月末日までに提出する。なお、HUPO 理事を２期継続したい意向の立候補もそれを拒まない。
- ５月中旬までに、立候補者の中から、1名を理事会の無記名投票で選出する。
- 理事会の選挙で選出された者は、HUPO 理事選挙に立候補する。
- 理事会の選挙結果を公表し、会員に周知する。
【AOHUPO理事の推薦規程】
- AOHUPO 理事の任期終了の前年3月末日までに、日本プロテオーム学会個人会員の中から次期候補者をつのる。原則として、HUPO理事およびAOHUPO理事は推薦しない。
- 次期候補者は、その年の４月末日までに、AOHUPO COUNCIL CANDIDATE BIOGRAPHICAL SKETCHフォームに意向や経歴を記載し、本学会事務局に提出する。
- ５月中旬までに、立候補者の中から1名を理事会の無記名投票で選出する。
- 理事会の選挙で選出された候補者をAOHUPO事務局に通知する。
【Presentation award選考規程】
プロテオーム解析に関する研究発表を奨励し、国際的に活発に活躍する研究者を積極的に育成することを目的として、会員に対してPresentation awardを毎年、贈呈し表彰する。
1． 選考方法
自ら申請した候補者について、Presentation Award選考委員会で選考後、理事会での承認を経て受賞者を決定する。Presentation Award選考委員会は、委員長と４名の委員からなり、委員長は国際担当理事（主担当）とする。委員は無記名選挙（４名連記）で理事の中から選出する。本人、同門、過去３年程度の密な共同研究者、子弟関係、家族親戚などが受賞候補者として推薦された場合には、選考委員になることはできない。その際、選挙で次点の者を選考委員とする。また、国際担当理事（主担当）が委員長となりえない場合、国際担当理事（副担当）を委員長とする。いずれの国際担当理事も委員長となりえない場合、選挙において得票数の多い委員を委員長とする。なお、選考委員と被推薦者の関係が適切であるかどうかについては委員会が調査する。同一の研究室または研究グループから複数名が応募した場合、選考委員会は当該研究室または研究グループを主宰する研究者に優先順位をつけることを依頼できる。
2． 受賞資格
受賞の候補者は次の条件（１）～（４）のすべてを満たす者とする。（１）本学会の会員であること、（２）受賞年のJPrOS大会および、HUPO年会またはAOHUPO年会、にて発表を予定していること、（３）受賞年の４月１日において40歳未満または学位取得後８年以内であること。また、独立ポジションに就いている方は除く。
3． 受賞件数
原則として各国際学会につき10名以内とする。ただし、応募状況を鑑みて受賞者が増減する場合もある。
4． 授与
賞状と副賞（金一封）を授与する。副賞は一人３万円とし、年総額５０万円を上限とする。
5． 申請方法
申請者は次の全項目をA４用紙１枚（厳守）に簡潔にまとめて庶務担当理事宛送付する。（イ）申請者氏名（所属・連絡先）（ロ）生年月日またはPhD取得年（ハ）発表タイトル（ニ）発表概要（ホ）JPrOS大会での発表の予定（ヘ）過去のJPrOS大会における発表履歴（ト）JPrOS入会年（チ）リサーチマップURL（※登録済の場合のみ）
6． 締め切り日
受賞年に会長が決定し、学会ホームページおよび学会通信にて会員に告知する。
7． その他
やむを得ないと会長が認める理由で予定した発表ができない場合、発表申し込みに関連して支払った費用（交通手段・宿泊のキャンセル料金、参加費など）は、副賞の金額を上限として受賞者に支給することとする。
| No. | 改訂年月日 | 改訂内容 |
| 1 | 2011年7月28日 |
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| 2 | 2012年7月26日 | 第12条2 理事の任期についての変更 <改訂前>ただし、 HUPOイニシアティブの代表及びHUPO理事は65歳を超えてもその職にある期間は、理事の資格を与える。 <改訂後>ただし、 HUPOイニシアチブの代表及びHUPO理事はその職にある期間は、理事の資格を与える。 |
| 3 | 2014年7月17日 |
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| 4 | 2015年7月23日 |
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| 5 | 2016年7月28日 |
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| 6 | 2017年5月16日 | 【日本プロテオーム学会奨励賞選考規程】
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| 7 | 2018年2月13日 |
【学会誌に関する規程】 1.～8.を追加
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| 8 | 2018年5月1日 | 第２条（所在地）の変更
<改訂前>神奈川県相模原市南区北里1-15-1 <改訂後>福岡県福岡市東区馬出3-1-1 |
| 9 | 2019年7月25日 | 【日本プロテオーム学会賞選考規程】
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| 10 | 2019年10月11日 | 第２条（所在地）の変更
<改訂前>福岡県福岡市東区馬出3-1-1 <改訂後>新潟県新潟市中央区旭町通１番町757番地（新潟大学 医歯学系 システム生化学分野内） |
| 11 | 2021年7月27日 | 第２条（所在地）の変更
<改訂前>新潟県新潟市中央区旭町通１番町757番地（新潟大学 医歯学系 システム生化学分野内） <改訂後>神奈川県川崎市多摩区東三田１丁目１－１（明治大学 農学部 生命科学科内） |
| 12 | 2022年12月7日 |
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| 12 | 2022年12月7日 | 【名誉会員付与規程】
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| 13 | 2023年2月9日 |
【Presentation award選考規程】 1.～7.を追加
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| 14 | 2023年7月26日 | 【Presentation award選考規程】
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| 15 | 2023年10月16日 |
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| 16 | 2024年2月11日 |
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| 17 | 2024年7月5日 |
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| 18 | 2024年7月23日 |
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